教育经费税扣除方式如下：
《企业所得税法实施条例》第四十二条规定：
除国务院财政、税务主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分，准予扣除。
软件生产企业发生的职工教育经费中的职工培训费，可以全额扣除；
计算三项经费的“工资薪金总额”，是指企业实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。
