根据你的陈述:按常理无法理解贵公司的“忍辱负重”!有些纠纷不是通过损失自身的利益能够解决的。1、该建设工程施工合同是否有效?如果挂靠于奉柘公司名下的实际施工人陈祖国的施工队并没有施工资质的,该合同应被认定无效。即使合同有效,但由于 A 承包人未在合同约定的期限内完工,且在你公司催告的合理期限内仍未完工;B 该工程质量不合格,且承包人拒绝修复的;因此,根据上述任何一点,该工程合同都应当依法解除。你公司在最应该主张自己权益的时候,却选择了付款妥协,不知道是出于何种考虑!?2、工程到底竣工否?如果没有竣工,公司完全可以通过诉讼要求对方承担违约责任;如果工程已竣工,由于你方未经验收擅自使用,对使用过的部分从法律上已丧失了要求对方承担质量不符合约定的责任。3、关于重新选一家建筑公司来完成未了工程(不是说自行收尾了么?到底竣工否?)。一个工程的建设是需要立项、审查等诸多行政手续的,具体的施工单位也是经审批部门登记、特定的,因此,不是想换就换的。如果审批机关有规定可以变更施工单位的,那最好,否则,只能先解除原先的建筑工程合同,才能引入新的施工单位。4、按照竣工验收的程序,需要施工单位先准备关于工程合格的验收报告,并递交给发包人即你公司,再由你公司将相关报告和资料递交政府部门,因此,如果施工单位不出工程合格的报告,你公司的验收程序就无法启动。道理很简单,连施工单位都无法确认其自己做的工程是否合格,其他单位又有什么资格确认其合格呢!?所以,你单位是不能自行申请验收的。5、从你的陈述看,你公司于2005年4月第二次发律师函给奉柘公司,该案应尚在诉讼时效内,因此,如能及时提起诉讼,亡羊补牢为时未晚。6、纠正你公司的一个观点。你公司认为“诉诸法律又耗时费钱,不可知因素又太多,因此心中没数”,试想如果你公司一开始就花不多的钱请律师通过诉讼的途径纠正对方不当的做法和无理的要求,不但之后的冤枉钱不需再支付,而且现在的后遗症也不会存在了,这笔帐算下来,还算费钱么?你公司是不舍得花小钱,结果却亏了大钱且留下了一个无法收拾的烂摊子,这显然是完全可以避免的!至于“不可知因素太多”,归根结底你公司还是不相信法律、不相信律师,但如果不相信法律,你公司还投资做什么生意呢!?如果不相信律师,你公司为何还到网上来咨询呢!?因此,在这一点上,你公司又太悲观了!上述仅供参考。