合作协议在先，公司章程在但在协议约定了特别事项，约定事项有效吗

合作协议书具有法律效应。依法成立的合同具有法律约束力，因此依法成立的合作协议，也具有法律约束力。双方当事人具有法律约束力。且法成立的合同，自成立时生效。但是法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的除外。
签名或盖章确是各方亲自签署或加盖的，且无证据证明受到欺诈、胁迫等的，就是有效的。
1、股份合作制，是指以合作制为基础，实行以企业职工的劳动联合与资本联合为主的企业组织形式， 股份合作是企业法人，企业承担的是有限责任，合伙则是各合伙人订立合伙协议，共同出资、合伙经营、共享收益共担风险。
2、并对合伙企业债务承担无限连带责任的营利性组织，不是法人，合伙人承担的是无限责任.看你自己的实际情况而言了，所以这种情况下你应该签订合作协议。
3、这种协议书是有法律效力的，只要该协议书不违反国家法律规定并生效，原则上不需要，当然，公正的话更有利。法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。第一百四十五条 限制民事行为能力人实施的纯获利益的民事法律行为或者与其年龄、智力、精神健康状况相适应的民事法律行为有效；实施的其他民事法律行为经法定代理人同意或者追认后有效。
相对人可以催告法定代理人自收到通知之日起三十日内予以追认。法定代理人未作表示的，视为拒绝追认。民事法律行为被追认前，善意相对人有撤销的权利。撤销应当以通知的方式作出。