企业有残疾人，可以申请免税，按照人头免税。
1、首先，企业支付给残疾员工的工资可以从所得税中予以扣除，并且可以100%加计扣除，
2、增值税、营业税：对安置残疾人的单位，实行由税务机关按单位实际安置残疾人的人数，限额即征即退增值税的办法。实际安置的每位残疾人每年可退还的增值税或减征的营业税的具体限额，由县级以上税务机关根据单位所在区县（含县级市）适用的经省级人民政府批准的最低工资标准的6倍确定，但最高不得超过每人每年3.5万元。
3、最后，雇佣残疾员工达到规定比例，可以免缴残疾人就业保障金。
各地还有一些富有地方特色的优惠政策，各企业还需具体和地方残联或地税咨询。
法律依据：《关于促进残疾人就业税收优惠政策征管办法的通知》
一资格认定
（一）认定部门申请享受《财政部国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》(财税〔2007〕92号)第一条、第二条规定的税收优惠政策的符合福利企业条件的用人单位，安置残疾人超过25%（含25%），且残疾职工人数不少于10人的，在向税务机关申请减免税前，应当先向当地县级以上地方人民政府民政部门提出福利企业的认定申请。盲人按摩机构、工疗机构等集中安置残疾人的用人单位，在向税务机关申请享受《财政部国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》(财税〔2007〕92号)第一条、第二条规定的税收优惠政策前，应当先向当地县级残疾人联合会提出认定申请。申请享受《财政部国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》(财税〔2007〕92号)第一条、第二条规定的税收优惠政策的其他单位，可直接向税务机关提出申请。
（二）认定事项民政部门、残疾人联合会应当按照《财政部国家税务总局关于促进残疾人就业税收优惠政策的通知》(财税〔2007〕92号)第五条第（一）、（二）、（五）项规定的条件,对前项所述单位安置残疾人的比例和是否具备安置残疾人的条件进行审核认定，并向申请人出具书面审核认定意见。《中华人民共和国残疾人证》和《中华人民共和国残疾军人证》的真伪，分别由残疾人联合会、民政部门进行审核。具体审核管理办法由民政部、中国残疾人联合会分别商有关部门另行规定。
（三）各地民政部门、残疾人联合会在认定工作中不得直接或间接向申请认定的单位收取任何费用。如果认定部门向申请认定的单位收取费用，则本条第（一）项前两款所述单位可不经认定，直接向主管税务机关提出减免税申请。
二减免税申请及审批
（一）取得民政部门或残疾人联合会认定的单位（以下简称“纳税人”），可向主管税务机关提出减免税申请，并提交以下材料：
1.经民政部门或残疾人联合会认定的纳税人，出具上述部门的书面审核认定意见；
2.纳税人与残疾人签订的劳动
合同或服务协议（副本）；
3.纳税人为残疾人缴纳社会保险费缴费记录；
4.纳税人向残疾人通过银行等金融机构实际支付工资凭证；
5.主管税务机关要求提供的其他材料。
（二）不需要经民政部门或残疾人联合会认定的单位以及本通知第一条第（三）项规定的单位（以下简称“纳税人”），可向主管税务机关提出减免税申请，并提交以下材料：
1.纳税人与
