工程质量保证金返还申请程序是:
1、建设单位向住建局质检部门提出申请;
2、物管办公室签署退还意见并盖章后返还质监部门方可退还;
3、物业确认公告期间无问题的,由物管科签字报综合科复核无异议后盖章返还住建局质监部门;
4、有问题的,由开发单位维修,维修合格经反映业主签字、物业盖章确认报物管科履行。法律依据:《建设工程质量保证金管理》第九条
缺陷责任期内,由承包人原因造成的缺陷,承包人应负责维修,并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用,发包人可按
合同约定从保证金或银行保函中扣除,费用超出保证金额的,发包人可按合同约定向承包人进行索赔。承包人维修并承担相应费用后,不免除对工程的损失赔偿责任。
由他人原因造成的缺陷,发包人负责组织维修,承包人不承担费用,且发包人不得从保证金中扣除费用。
第十条
缺陷责任期内,承包人认真履行合同约定的责任,到期后,承包人向发包人申请返还保证金。