税务稽查查出公司两年前对方给我开的发票有问题，如何处理

开票系统操作：
　　网络开票操作视频：办税服务—资料下载—软件下载—市国税局普通发票网络开具系统（企业客户端）培训视频.rar
　　（一）、首次登录—注册授权
　　启动网络开票系统，显示注册授权窗口,网络设置，主要是设置网络发票的服务器地址及端口，新的网络开票软件中已经存在的，不须重新设置。在注册授权窗口正确输入纳税人识别号，如果纳税人为一户一机用户，只需设置主机，主机号默认为0。如果为一户多机用户，设置完主机后，还需要设置分机号码，若注册成功，显示网络开票系统登录界面。
　　（二）系统登录
　　系统启动后，用户需输入开票员管理员账号和密码，初次登录使用的账号为纳税人识别号，密码为“123456”，首次登录成功后，系统提示用户修改管理员默认密码。
　　（三）系统维护：
　　1、用户管理：网络开票系统提供两种权限类型的用户，分别为开票管理员和开票员。
　　2、网络设置：用于设置访问税务机关服务器的设置，只有当税务机关服务器地址发生变化时，需要重新设置上述参数，输入要设置的相应税局端的服务器地址和端口号。
　　3、数据备份/恢复：为保证企业网络开票系统的数据安全，防止系统数据丢失，系统提供数据备份和恢复功能，保证企业正常开票。建议企业定期做数据备份，以免数据丢失。
　　（四）基础资料：
　　该功能菜单共有四个子菜单，分别为“客户资料”、“货物（应税劳务）资料”、“本单位信息”、“本单位银行资料”。基础资料在开具发票时方便选择使用，添加的客户、货物、银行信息资料只保存在本地，不会上传到税务局端系统。
　　（五）发票:
　　该功能菜单为开票核心功能，提供发票开具、发票库存、票源下载、发票查询、发票缴销管理（主机及单机）、受票方查询等功能。