农村有套自建房，有房产证，在购买商品房算是二套房吗？

不算。
根据《关于统一明确公积金贷款审批有关政策口径的通知》

一、关于申请贷款的缴存基数和比例要求

职工申请公积金贷款时，月缴存基数应不低于本市最低月工资标准，单位和个人缴存比例应均不低于5%。

二、关于高层次人才贷款优惠政策

高层次人才在我市首次购买自住普通商品住房申请公积金贷款的，可享受高层次人才公积金贷款优惠政策，申请贷款时应连续缴存3个月（含）以上，贷款额度可按家庭申请贷款时计算的可贷额度合计数上浮50%确定。

三、关于不同土地性质的住房套数认定

认定职工家庭住房套数时，国有土地上的住房计入住房套数，集体土地上的住房不计入住房套数。

;　　1、购房者在购买自住房屋时，必须根据自身家庭的储蓄、可获得的各类贷款以及向亲友借款等因素，来估算自己的实际购买能力，最终确定所要购买的房屋类型、面积和价位。购房者在制定购房预算时可从以下几个方面入手：　　(1)估算家庭可动用资金。　　(2)考虑欲购房屋的面积。以往住宅商品房实行以建筑面积计价的方法，但依据北京市《关于新建住宅商品房实行按使用面积计算售价的通知》，从1997年7月1日起实行按使用面积计算住宅商品房售价的办法。　　(3)调查有关物业管理的各项支出。购房者可参考《北京市普通住宅居住小区物业管理服务收费暂行办法》(京价(房原(1997)第196号)，也可从亲友那里探听。　　(4)衡量家庭偿还贷款的能力。购房者一方面要考虑可能获得的住房公积金贷款和商业银行贷款，另一方面也需考虑家庭偿还贷款的能力。　　(5)确定购房时的税费支出，包括房产税、契税、印花税、土地使用税和一些行政事业性收费等。　　(6)准备必要的咨询服务费用。　　2、收集购房信息　　购房者可从以下几种渠道获得购房信息：　　(1)媒体广告，包括报刊杂志上的广告、广播电视广告和招贴广告及网络等;　　(2)亲友介绍;　　(3)开发商或代理商邮寄、发送的宣传品;　　(4)售楼书;　　(5)现场广告牌;　　(6)现场展示样板房;　　(7)房地产交易展示会;　　(8)直接与房地产营销人员进行交流;　　(9)其他途径，包括向北京市房地产交易所、咨询公司等处查询关于房地产交易的各种资料。　　3、查询商品房的合法性　　房地产商在销售商品房时应具备“五证”：即《国有土地使用证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》和《商品房预售许可证》或《商品房销售许可证》。　　4、进行实地调查(现房)　　购房者根据所收集的购房信息，看中了某一处房屋后，一定要对欲购房屋进行实地调查。眼见为实。购房者在观看、考察房屋时，务必全面仔细。在查看房屋的内部时，要对房屋的建筑面积、使用面积的大小，房屋的建筑质量，装修标准、装修质量，房屋的附属设备是否完备，房间的隔音效果如何，天花板、墙壁地面、门窗是否有损坏，内部设计是否合理等方面进行仔细考察。对房屋外部进行查看时，要注意房屋的位置、朝向、外观造型、楼梯、电梯、走廊等情况。另外，还要对户外景观、周边环境、交通条件以及各种公共配套设施的设置等情况进行了解。在实地查看过程中，购房者无法调查的情况，或在某些方面存在疑问，购房者还可以直接向现场的售楼人员询问，真正做到心中有数。　　5、签订房屋买卖合同　　购房者在签订合同时，一定要坚持使用国家认定的商品房购销合同的规范文本，不要使用房地产商单方面制定的合同文本，以防在合同中出现欺诈行为。购房者签订的合同中的各项条款一定要准确、清晰，特别是有关房屋面积和购房者付款金额、付款方式等关键条款。　　6、验收房屋,办理房屋产权过户登记　　购房手续的最后一关是验收房屋,办理房屋产权过户登记，领取房屋及土地的产权证明，至此购房全过程结束。

房屋买卖的过程中，建房涉及的情况多种多样，需要具体情况具体分析。比如，建好房屋后出售需要注意的：注意：
(1）卖方是否唯一住房且满五年才能免营业税；
（2）买方是首次购房享受契税优惠。
房屋转让过户的规定
投入使用的房地产买卖双方，应当签订房地产买卖合同，合同文本可以使用房屋土地管理局制定的示范文本，也可以自己制定合同。使用自制合同的，当事人在过户申请前应该委托经市房地局认定的法律服务机构进行预审，法律服务机构对于符合规定的自制合同，提出预审合格意见。市、区、县房地产交易管理机构受理过户申请后，应该对买卖双方提供的申请过户资料进行审核，审核内容如下：
一、当事人提供的材料是否合法、有效;
二、申请书填写的内容与提供的材料是否一致、无误;
三、房地产的权属是否清楚，确认有无权属纠纷或他项权利不清的现象，是否属于《房地产转让办法》规定的不得转让的范围;
四、受让人按规定是否可以受让该房地产; 五、买卖的房地产是否已设定抵押权;
六、买卖已出租的房地产，承租人是否放弃优先购买权; 七、买卖共有的房地产，共有人是否放弃优先购买权; 八、房地产交易管理机构认为应该审核的其他内容。
买卖双方当事人对于市、区、县房地产交易管理机构作出的不予过户决定有异议，可以向市房地局申请行政复议，也可直接向人民法院起诉。
办理房屋产权过户的手续和缴纳费用：
1、5年内的房屋过户，需要由卖方交纳个人所得税。5年以前的不需交。
2、第一次过户要交纳1.75%的讫税(财政部门收取)
3、6元/平方米的手续费(房管局收)
4、房屋评估费按评估后总价的5‰收(评估事务所收)
5、公证费最高300元

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