因企业经营不善，导致员工部分薪资拖欠，且与员工协商不成，劳动局发函要求到局里调查，会有什么结果或者是惩罚吗？如果工资结算完后会有不同的影响吗？

员工会申请仲裁

存在欠薪情况，讨薪者可以通过劳动仲裁来讨回薪资。劳动仲裁是我国劳动争议处理的一个重要的程序。劳动争议仲裁委员会是由地方政府依法设立的，处理本地方发生的劳动争议案件的专门性机构。劳动争议仲裁委员会由当地劳动行政部门代表、同级工会代表和用人单位方面的代表三方组成。劳动争议仲裁委员会的主任由劳动行政部门的负责人担任，其办事机构设在劳动行政部门。劳动争议案件的审理由仲裁委员会指派仲裁员或仲裁庭具体执行。

　　劳动者对于个别无故拖欠、克扣加班工资的，职工应该怎样保护自己的合法权益呢。　　为维护劳动者通过劳动获得劳动报酬的权利，规范用人单位的工资支付行为。劳动部《工资支付暂行规定》第十八条规定：各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　1、克扣或无故拖欠劳动者工资的;　　2、拒不支付劳动者延长工作时间工资的;　　3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条也作出规定：用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为之一的，应责令支付劳动者的工资报酬，经济补偿，并可责令按相当于支付劳动者工资报酬、经济补偿总和的一至五倍支付劳动者赔偿金：　　1、克扣或无故拖欠劳动者工资的;　　2、拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;　　3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　4、解除劳动合同后,未依照法律、法规规定给予劳动者经济补偿的。　　责令用人单位支付劳动者经济补偿按有关规定执行。　　劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条也规定：用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需支付相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。　　国家对用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资报酬的行为的行政处罚规定已相当明确，但用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资报酬的事情还是屡有发生。面对各种形式的侵权行为，劳动者该怎样来依法维护自己的合法权益呢。《工资支付暂行规定》第十九条规定：“劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼”;但《劳动法》第八十二条也规定：提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。即：劳动争议的申诉时限为争议发生之日起60日。所谓“劳动争议发生之日”是指当事人知道或应当知道其权利受到侵害之日。对于超过申诉时限的仲裁申请，劳动争议仲裁委员会可不予受理，对由于当事人因不可抗力或者有其他正当理由超过申请仲裁时效的情况可以除外，但是当事人必须能提供有不可抗力或者其他正当理由超过申请仲裁时效的证明。现实中就有许多人在发现被侵权时，往往由于出于单位压力或自身的顾虑等种种原因未有及时申诉，等到再想申诉时，却已超过申诉期限，形成有冤无处申结果。　　因此，在当你、我、他发现本人合法权益被侵害时，一定要及时拿起法律的武器来维护自身的合法权益，避免再造成有理无处诉的结果。