增值税专用发票的已开具的抵扣联和发票联丢失怎么处理

按以下文件规定处理：国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知国税发[2002]10号各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：为解决增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）丢失增值税专用发票产生的涉税问题，现将一般纳税人丢失增值税防伪税控系统开具的增值税专用发票的有关税务处理问题明确如下：一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”（样式附后），经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。二、一般纳税人发生丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票情况，必须及时向所在地主管税务机关报告，税务机关应对其报告的丢失发票是否已申报抵扣进行检查，对纳税人弄虚作假的行为，按照有关的法律法规进行处理。三、本通知自2001年7月1日起执行。原《国家税务总局关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发〔1995〕015号）第三条第二项的有关规定同时废止。附件：增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单国家税务总局二○○二年二月一日

发票开具：
　　提供用户开具普通发票的功能，包括发票的填开、作废等操作，开具发票的操作人员是开票员。
　　（1）正常开票：若在线开票，发票自动上传至网络发票管理信息系统；若离线状态开票，开票数据自动保存在系统中，等待网络连通后再将发票信息上传到管理端网络发票管理信息系统。
　　（2）开具红字发票：对隔月已经报送的发票做冲红处理，开具红字发票（发票冲红）
　　特殊红票：特殊冲红是对网络发票系统应用以前所开发票的冲红开具，则冲红发票填开方式应选择“特殊红票”，按原正数发票的内容填开红字发票，数量、金额为负值，操作步骤同正数发票填开。
　　（3）发票填开作废：对当前月份已开具的发票进行作废。
　　（4）空白发票作废：用于作废没有开具过的发票。
　　（5）发票查询补打：此功能用于将已经开具并保存发票查询补打操作，将已开具的发票打印出来。
　　（6）发票补录：当纸质发票已经打印出来，而发票电子数据未保存时，需要使用发票补录功能，完成电子发票数据的录入。

公司开发票办理手续手续：
一、纳税人到主管国税机关领取并填写《代开发票申请表》1份，
二、纳税人应提供资料
1.需出示的资料
（1）申请代开发票人（或经办人）的合法身份证件
（2）税务登记证（副本）复印件
2.需报送的资料
（1）付款方（或接收劳务服务方）对所购物品品名（或劳务服务项目）、单价、金额等出具的书面确认证明，或购销合同；对个人小额销售货物和劳务（在1000元以下）只需提供身份证明。
三。到税务开票窗口缴纳税款
应纳增值税税额=开票金额/（1+3%）*3%
四、税务机关承诺时限
提供的资料完整、填写内容准确、各项手续齐全的，当场办结。