我想请问一下股权转让协议中，乙方是接受方，万一公司亏损时乙方是只亏损投资时的本金还是持有股权部分

你好，股东对自己所持股权承担出资责任

有限责任公司股权转让出资的方式有两种：
1、股东将股权转让给其它现有的股东，即公司内部的股权转让;
2、股东将其股权转让给现有股东以外的其它投资者，即公司外部的股权转让。
这两种形式在条件和程序上的区别：
1、内部转股：出资股东之间依法相互转让其出资额，属于股东之间的内部行为，可依据公司法的有关规定，变更公司章程、股东名册及出资证明书等即可发生法律效力。一旦股东之间发生权益之争，可以以此作为准据。
2、外部转股：股东向股东以外的第三人转让出资时，属于对公司外部的转让行为，除依上述规定变更公司章程、股东名册以及相关文件外，还须向工商行政管理机关变更登记。

一、股权质押股权质押又称股权质权，是指出质人以其所拥有的公司股权作为质押标的物而设立的质押。按照目前世界上大多数国家有关担保的法律制度的规定，质押以其标的物为标准，可分为动产质押和权利质押。股权质押就属于权利质押的一种。股权质押的主体包括出质人和质权人。在股权质押过程中，出质人按照一定的法律程序将其拥有的公司股权收益权让渡给交易对手方质权人。相应地，质权人支付事先约定的、一般不超过股权的收益权价值的对价。因此，在股权质押完成后，出质人通过设立、让渡股权标的物获得质权人对价而成为债务人，质权人成为债权人，并以质押股权作为其债务的担保物权。股权质押在质押期间，出质人作为公司股东的身份不变，未经出质人公司其他股东同意，质权人不得转让出质股权;未经质权人同意，出质投资者不得将已出质的股权转让或再质押。二、股权质押回购合同股权质押回购合同是以股权质押为基础演化出的创新合同。相对于股权质押而言，股权质押回购合同不仅包括了股权质押业务签订的合同，同时还是先对质押的股权设定不同条件下赎回的制度安排。股权质押回购合同的出质人一般为需要资金的企业。质权人往往由银行、证券等金融机构充当。金融机构在开展股权质押回购业务时，既可通过设计发行理财产品募集资金实施，也可以自有资金开展股权质押回购业务。股权质押企业与金融机构在开展股权质押回购业务时，需事先签订相关合同，就质押股权的期限、数量、质押股权的价格、质押股权回购价格等条款进行约定。特别需要指出的是股权质押回购合同中，股权质押价格远低于其市场价格，这使质权价值远低于质权的实际市场价值。同时，合同中明确了质押股权市场价值下跌时的质押资产池价值的“补充维持”机制。这些制度安排不仅确保股权质押回购业务资产的安全，大大降低了金融机构债权的风险，还保证开展该业务的金融机构获得可观的收益。