2000年2月,甲股东（出资占60%）与乙股东（出资占20%）、丙股东（出资占20%）共同成立有限责任公司，甲担任法定代表人。经营过程中因乙经营管理有较高水平，故甲承诺乙享有公司47.5%的股权（未在工商局做变更登记）。 2003年，甲与乙签订《股权转让协议》，约定乙方将47.5%的股权转让给甲方，价格为人民币47.5万元（双方确认公司资产总额为人民币100万元）。甲向乙支付了人民币45万元。后因剩余2.5万元的给付发生争议。 乙向人民法院起诉，要求甲给付2.5万元，理由为《股权转让协议》为双方真实意思表示，应当履行。甲辩称：乙在公司只持有20%的股权，其无权要求给付余款。并反诉要求乙退回25万元人民币。 该案件争议比较大，请各位支招！ 谢谢

个人浅见，仅供参考：
首先，本案是一个关于股权转让的买卖合同关系，那么法院第一个要解决的就是合同效力问题。
从公司登记的外部效力来看，乙股东只占有公司20％的股份，那么其转让47.5％的股份确实就无权处分了27.5%股份，根据合同法规定无权处分事后又未经权利人认可的合同无效，那么甲方的反诉理由确实成立。
但是，本案中的股权转让发生在公司股东内部，而27.5％股份的原权利人又恰恰是甲方，从双方签订股权转让合同的行为来看，甲方应是确认乙方享有47.5％的公司股权的，否则也无从签署本合同。法院不能仅因为之前乙方没有办理工商登记而直接判令合同无效，根据法律规定违法法律法规强制性规定的行为无效，公司法并没有规定股权转让合同以办理工商登记为生效要件。
本案的关键在于乙方是否享有额外的27.5％的股权，如果确认乙方享有47.5％的股权，则应支持乙方诉请，反之则支持甲方诉请。
故之前“甲承诺乙享有公司47.5%的股权”这一行为的性质到底如何认定成了又一关键点，从一般理解来说，此承诺应构成甲方对乙方的赠与（不知在双方之后的股权转让协议中对这一点是否有陈述），而根据最高院关于赠与合同的规定，赠与属诺成性合同，但排除特殊情况赠与方可在实际履行前撤销赠与，如果我代理甲方就先当庭表示撤销当初的赠与，使乙方无法获得额外27.5％股份的处分权（因为甲方已经在合同中认可乙方享有47.5％的股份，在股东内部是有效的），故法院应首先确认甲方之前的赠与行为是否已实际履行，是否一定要以办理股权变更登记为履行要件，甲方签订合同认可并支付大部分款项的行为是否也为履行的标志。如认为赠与已实际履行则不得撤销，故乙方享有所有权，支持乙方诉请；如赠与并未实际履行，可以撤销则乙方无权处分，支持甲方诉请。

这个案子比较有内涵。
我认为关键看丙的证词。如果说变更股份，虽然没有登记，但是当事人之间的约定是有效的，只有在对抗第三人，并且损害对外债权清偿的时候，才不能让他生效，否则，让他生效，是符合民法自由处分原则的，手续问题可以补。当然，需要工商处罚的也可以接受处罚。
如果丙不能作证，其他人的证词就有问题。在这种情况下，甲要求返还的根据就有些充分了。

“故甲承诺乙享有公司47.5%的股权（未在工商局做变更登记）。”这一节是很重要的，如未经登记显然无效，且未按公司法规定履行有关程序。