首先是独立性的问题，这具体体现在技术和市场依赖及关联交易等方面。

　　如从事保健品业务的北京东方红需要借助控股股东航天宇通的上级单位中国空间技术研究院的研发平台实现核心研发工作，而且主要研发人员也是后者的研究人员且是兼职。

　　同时公司的关联交易明显过多，2006年和2007年公司的第一大客户上海寰誉达生物和第二大客户上海天曲生物均为公司的关联企业。

　　事实上，在关联交易中表现最为突出的要数芜湖安得物流，资料显示这家公司在2006-2008年及2009年上半年为控股股东美的集团及其关联公司发生业务收入分别占同期营业收入的38.19%、32.53%、29.56%和27.47%，而关联交易生产的毛利额占总毛利的比重全部超出30%。

　　在主体资格审核方面，来自天津的三英焊业则撞上了枪眼。

　　公司原控股股东天津信托在2008年10月将持有三英焊业的股权转让给华泽集团，来自发审委的意见认为由于股权转让双方性质和经营方针均有所区别，而且股权转让之后公司的董事长和一名董事也从由天津信托委派变更为华泽集团委派。

　　根据《首次公开发行股票并在创业板上市管理暂行办法》（下称暂行办法）第十三条，发行人最近两年内主营业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化，实际控制人没有发生变更。天津三英焊业此举显然违反了这一规定。

　　募集资金使用问题也是发审委在审核过程中关注的一个重要问题。在独立性方面存在问题的北京东方红，在募集资金投向方面同样存在瑕疵。

　　根据公司招股书披露，以辅酶Q10为原料的软胶囊产品是公司募集资金投向之一，但这一产品在去年9月2日才被进入国家食品药品监督局的技术审评阶段，尚未取得有关批准及证书。虽然公司表示预计在3-4个月内可取得批文及证书，但由于可能出现因为政策变化和其他不可预见因素导致该证书被延期授予的可能性，发审委最终认定这不符合《暂行办法》第二十七条的规定，即发行人募集资金应当用于主营业务，并有明确的用途。

　　在创业板被否的公司统计中，拥有出现不规范运作和内部控制问题被否的公司有6家之多。以上海奇想青晨为例，公司在2006年纳税中使用了核定征收方式，尽管在招股书申报稿中公司表示这一纳税行为被上海地税局和金山分局确认；但由于并没有进行未予纠正，依然难以过关。

　　而在会计处理是否合理方面，江西恒大则是一个颇具代表性的案例。"2007年以来，公司收入与销售费用相互不配比，申请人的解释尚不足以说明收入与费用不配比的合理性。"综上，发审委认为申请人不符合《暂行办法》第二十条的规定。此外北京福星晓程也存在类似的问题，不过，其在去年底首次上会被否之后，于今年9月17日二次上会，成功过会。

　　最后一个涉及的问题是信息披露方面，典型代表便是专利信息披露不实的苏州恒久，其因此而在上市前夜被紧急叫停，保荐券商、律所、相关责任人均受到了处罚。

　　此外，据本报记者了解，深圳卓宝科技在最初的申报稿中存在着隐瞒报告期内子公司发生火灾及被处罚，同时还隐瞒了部分合同纠纷，在被举报后才做出了相关披露和说明。