首先确定对方的行为已实际构成侵权。合作开发完成的发明创造,除当事人另有约定的以外,申请专利的权利属于合作开发的当事人共有。当事人一方转让其共有的专利申请权的,其他各方享有以同等条件优先受让的权利。合作开发的当事人一方声明放弃其共有的专利申请权的,可以由另一方单独申请或者由其他各方共同申请。申请人取得专利权的,放弃专利申请权的一方可以免费实施该专利。合作开发的当事人一方不同意申请专利的,另一方或者其他各方不得申请专利。
对于这件事的具体处理是,由于对方已经申请了专利保护,那么受害人可以带上相关资料到对方申请知识产权的部门去提异议,由这个部门来审查。如果在该公司申请了知识产权保护给公司带来了损失,还可以就此提出要求其赔偿。