我们在火锅店，早上店员早早做了健康证，回来的时候迟到了一个小时。 不是只有一个人迟到了。 店长说要旷工，扣去工资三天，说应该根据劳动法如何处理。

旷工一天扣三天工资不合法。旷工一天扣三天工资的规定，侵犯了劳动者劳动报酬权，是违法的。《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。　从劳动者的基本权利、工资分配原则以及扣减工资的本质上寻找答案。
首先，根据《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
其次，这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。最后，这一规定也违反了公平原则，劳动者出勤一天只发放一份工资，旷工一天却要扣去三份工资，劳动者不能信服。

可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。理由有二：

　　首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。
法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾；

　　其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。

通常情况下，如果公司存在相应的不按时支付相应的工资，不能够通过旷工进行辞职，通常可以通过合法的方式进行辞职。但是如果旷工的情况下离职的，会扣除一定的工资。在公司扣除相应的旷工工资后 ，剩余的工资应当依法返还。