你好，我扣除3.5天病假两倍的工资，然后他计算工资日的天数把所有假日都扣除，合理吗？

　 劳动仲裁依据劳动合同法的相关规定进行：
《劳动合同法》　第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
　　劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
　　本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

病假工资的基数按照以下三个原则确定：
　　
(1)劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位(职位)相对应的工资标准确定。集体合同(工资集体协议)确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同(工资集体协议)标准确定。
　　
(2)劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议。
　　
(3)用人单位与劳动者无任何约定的，假期工资的计算基数统一按劳动者本人所在岗位(职位)正常出勤的月工资的70%确定。此外，按以上三个原则计算的假期工资基数均不得低于本市规定的最低工资标准。

按照劳动法第四十四条的规定，支付加班费的具体标准是：在标准工作日内安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬;休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬;法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于百分之三百的工资报酬。　　劳动法标准工作时间以外延长劳动者工作时间和休息日、法定休假日安排劳动者工作，都是占用了劳动者的休息时间，都应当严格加以限制，高于正常工作时间支付工资报酬即是国家采取的一种限制措施。
但是，在上述三种情形下组织劳动者劳动是不完全一样的，如法定休假日对劳动者来说，其休息有着比往常和休息日更为重要的意义，也影响劳动者的精神文体生活和其他社会活动，这是用补休的办法无法弥补的，因此，应当给予更高的工资报酬。
用人单位遇到上述情况安排劳动者加班时，应当严格按照劳动法及本法的规定支付加班费。属于哪一种情形的加班，就应执行法律对这种情况所作出的规定，相互不能混淆，不能代替，否则都是违反劳动法和本法的行为，都是对劳动者权益的侵犯，应当依法承担法律责任。
　　根据本条的规定，变相强迫劳动者加班的，应当视为违反劳动法的规定延长劳动者的工作时间。劳动者可以依据劳动法和本法的有关规定，要求用人单位补发其为了完成超过合理数量的劳动定额而加班工作的工资报酬。