我司属于物流公司，由于公司大部分员工都是外来非农业户籍员工，根据上海规定，应该给员工缴纳社保，但是大部分员工不愿意缴纳社保，因此在与员工签订的合同中关于社会保险一项“如乙方不愿缴纳上述社会保险，需书面提出申请，在出现劳资纠纷时乙方不得以任何理由向甲方追索）”，并且不愿意缴纳社保的员工都会在一份书面申请中签字，请问在这种情况下，未签订社保的员工在离职后起诉公司，公司是否要承担法律责任？

申请劳动仲裁期间，员工可以离职，劳动仲裁跟员工是否在职无关，只要仲裁有效的时限内提出劳动仲裁就可以的。
2、《劳动仲裁法》 第二十七条劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。
仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。
从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

办理离职手续，离职时劳动者的工资、押金和经济补偿是必须一次性结清的。用人单位不得随意扣减或者拖欠，当事人可以在办理离职手续时要求结清。否则当事人可以去劳动局申诉或者举报用人单位的违法违规行为。至于所谓恶意败坏单位声誉，单位应该收集证据，法律是以事实为依据的，如果是因为欠工资，当事人通过各种方式抱怨，不属于败坏声誉。　双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。　　根据《工资支付暂行规定》　　第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。　　根据《中华人民共和国劳动合同法》规定　　第五十条　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。　　第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：　　
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；　　
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；　　
(三)安排加班不支付加班费的；　　
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

公司没有购买社保，劳动者可以依法解除劳动合同并要求经济补偿。
《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。