分居三年半，然后结婚证一直在他那里没有结婚证可以办理离婚吗，

根据我国《婚姻法》的规定，夫妻感情不和分居满2年的，法院调解无效后，应该准予离婚。那么，感情不和分居几年后可以自动离婚吗？
按照我国《婚姻法》的规定，是没有规定分居几年就可以自动离婚的情形，法律只是规定了因为感情不和分居2年的，起诉离婚后法院对其调解无效的，那么就应判决离婚。但是，这并不代表感情不和分居满2年就可以自动解除婚姻关系了。 　　我国解除婚姻关系的方式有两种，一种就是双方协议离婚，到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已经有恰当的处理，就会发给离婚证。 　　另外一种就是诉讼离婚，法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。如果因感情不和分居满二年的，经过调解无效的，也应准予离婚。 　　具体的法条依据是： 　　《婚姻法》第三十一规定， 男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。 　　《婚姻法》第三十二条规定，男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚： 　　
（一）重婚或有配偶者与他人同居的； 　　
（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的； 　　
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的； 　　
（四）因感情不和分居满二年的； 　　
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。 　　一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。

婚姻关系是在结婚证为依据的，户口簿显示已婚，不代表双方的婚姻关系有效。双方只要没有办理结婚登记手续，即不是有效的婚姻。则不存在离婚的问题。　　法律依据：根据《婚姻法》第八条规定要求结婚的男女双方必须亲自到婚姻登记机关进行结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。取得结婚证，即确立夫妻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。　　但如果双方是在1994年2月1日前结婚，且符合结婚实质要件的，可以视为事实婚姻关系，即使没有办理结婚登记，也视为有效婚姻，需要办理离婚手续。　　法律依据：最高人民法院在《关于适用婚姻法若干问题的解释
（一）》第五条作出了专门的规定：“未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻自理；
（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。”

没有结婚证怎么离婚？
具体情况具体分析，如果是未办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到法院要求离婚的，应当分两种情况区别对待：
(1)1994年2月1日《婚姻登记管理条例》实施前，男女双方已符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
审理事实婚姻关系的离婚案件，应当先进行调解，经调解和好或撤诉的，确认婚姻关系有效，发给调解书或裁定书，经调解不能和好的，应调解或判决准予离婚。
(2)1994年2月1日《婚姻登记管理条例》实施后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。
非法同居关系，并不具备法律上的婚姻效力，可以随时任意解除，不存在离婚问题，对财产争议和孩子抚养问题可到法院起诉。如果已符合结婚登记所要求的全部条件，而到法院起诉要求离婚的话，人民法院会告知应在案件受理前补办结婚登记。
如果补办，即从双方均符合结婚的实质要件时起认可他们的夫妻关系并按离婚诉讼处理。如果不补办的话，法院就会按解除同居关系处理。