我们是2003年结婚的，但没有结婚证，有一孩子，几年没在一起了，但户口在一起，现在怎么分开？

具体情况具体分析，例如，没有结婚证所生的孩子户口随谁？
一般情况下，非婚生子女可以随母报户口，孩子的母亲可持子女的出生医学证明、本人身份证、户口簿等，到户口所在地派出所申请办理孩子的出生登记。
如果无出生医学证明，孩子的母亲要持派出所出具的亲子鉴定证明，到相关司法部门做亲子鉴定，然后持亲子鉴定书，到派出所申请办理出生登记。

没有结婚证，另一方婚外情，不能算作是重婚。没领结婚证就不是法律意义上的夫妻关系，只是一种超朋友友谊的男女关系。当然了，如果这种关系的发生，从而产生了一些财产矛盾，这是法律规范的范围，可以通过法律依法处理。

根据《关于人民法院审理未办结婚登记而以夫妻名义同居生活案件的若干意见》有关规定：
1．人民法院审理非法同居关系的案件，如涉及非婚生子女抚养和财产分割问题，应一并予以解决。具体分割财产时，应照顾妇女、儿童的利益，考虑财产的实际情况和双方的过错程度，妥善分割。
2．解除非法同居关系时，双方所生的非婚生子女，由哪一方抚养，双方协商，协商不成时，应根据子女的利益和双方的具体情况判决，哺乳期内的子女，原则上应由母方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚养，子女为限制民事行为能力人的，应征求子女本人的意见，一方将未成年的子女送他人收养，须征得另一方的同意。

因此，未办理结婚登记双方所生的非婚生子女，由哪一方抚养，双方协商，协商不成时，应根据子女的利益和双方的具体情况判决，哺乳期内的子女，原则上应由母方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚养，子女为限制民事行为能力人的，应征求子女本人的意见，一方将未成年的子女送他人收养，须征得另一方的同意。