祖上宅基地弟兄分配以后出售，事隔多年，自建房无土地使用证，现已建好，出现土地所有权纠纷，该如何处理？

一、争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷
人民法院应当告知到当地人民政府申请解决，不服政府处理决定的则可向法院起诉，法院应以行政案件受理、土地为村集体经济组织所有的也可以直接向人民法院起诉，可要求占地者退出土地，排除妨碍，法院则应以民事案件受理，对当事人因争占空闲土地引发的财产损害赔偿案件，人民法院应根据具体案情处理。
二、建房户私下调换宅基地引发的纠纷
村民私下调换宅基地引发纠纷的，人民法院在审理此类案件时要指出双方行为的违法性，同时可以建议土地管理部门依法吊销建房手续，收回宅基地，如果一方或双方已盖好房屋，为避免造成不必要的损失，可以在征得土地管理部门同意后，责令双方变更宅基地登记
三、用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷
不适当使用宅基而影响邻里关系的，人民法院应本着依法、合理的精神妥善予以处理，确实给邻人造成损害的，应责令排除妨碍、消除危险、回复原状或赔偿损失。
四、未经共同使用人同意，部分公用人擅自使用共用的宅基地而引发的纠纷
对一宗宅基地可由两个以上村民共同使用，具有共同使用权，共有土地使用面积可以在共有人之间分摊。
对于共同使用的宅基地在未经共有人同意，部分共有人擅自使用引发纠纷的，处理时应先征求土地管理部门的意见，如主管部门批准双方共同使用宅基地的，可以判决明确各自的房屋产权。

《农村宅基地管理办法》第十四条 有下列情形之一的，其宅基地申请不予批准
(一)宅基地面积已达到本规定的标准再申请新宅基地的，但为实施村庄和集镇规划进行旧村改造的除外;
(二)出租、出卖或者以其他形式转让宅基地及其地上建筑物(缺房户合理调剂的除外)，或者将住宅改作他用，再申请宅基地的;
(三)以所有家庭成员作为一户申请宅基地并被批准后，不具备分户条件或不合理分户申请宅基地的;
(四)子女已立户且符合立户条件，其父母再单独申请宅基地的;
(五)拟实施旧村改造的区块或实施规划撤并的自然村，在原宅基地上建住宅的;
(六)对不需要居住的住房不拆除、所占宅基地不交回村集体的;
(七)违法建房未依法处理结案的;
(八)其他不符合申请建房条件的。

　　宅基地使用人死亡，如果在死亡前宅基地已经被征收，那么征收补偿款可以作为使用人的遗产来继承。　　继承遗产有遗嘱的按照遗嘱处理，没有遗嘱的按照法定继承处理，法定继承第一顺位继承人为：配偶，父母子女，第二顺位继承人为：祖父母、外祖父母、兄弟姐妹；在有第一顺位继承人的时候，由第一顺位继承人平均继承，如果没有第一顺位继承人才有第二顺位继承人平均继承。