公司在员工休息时间组织培训，且不算加班费，是否合法？

1.正确运用工时制度
　　根据法律规定，加班与工时制度有直接的关系。至于用人单位与劳动者签订的是什么类型的劳动合同、实行月薪制还是年薪制，都与加班无关。加班只与工时有关，在我国工时有三类，即标准工时、综合计算工时、不定时工时。有关加班与工时的关系，我们已在前面详细分析过，这里就不再赘述。三类工时制度有各自适用的对象，用人单位要有效控制加班费，首先必须正确运用工时制度，对特殊的工作岗位需要按照法律规定申请特殊的工时。
　　
2.建立加班的申报、审批制度
　　加班是用人单位与劳动者双方合意的行为，要么是公司安排、员工同意，要么是员工申请、加班公司批准。因此，用人单位要控制加班费，应该制订一套规范的加班管理制度。首先，单位应当设置规范的加班申请单，包含申请理由、加班截止时间等具体内容，由员工提出加班申请;其次，要经过部门经理签字，得到部门经理的确认(部门经理加班由总经理确认);最后，到人事部门(或财务部门)备案。建立上述制度的重要意义还体现在加班费争议的处理中。
　　加班费的计算涉及加班工资计算基数，如果加班费的计算基数降低了，加班费也会随之降低。按照目前的大部分地区的司法实践，在计算加班工资时一般都按照当月的工资总额作为计算加班费的基数。因此，即使工资结构中分为基本工资、奖金、津贴、补贴等多个项目的，也无济于事。
　　
4.合理选择调休
　　按照法律规定，用人单位在休息日安排劳动者加班的，可以选择调休也可以选择支付加班工资。从控制加班费的角度来讲，有条件的用人单位应优先选择调休，尤其是管理人员加班更应选择调休来代替加班费支出。
　　
5.制作完备的工资支付凭证
　　对于存在加班现象的用人单位来说，工资支付凭证的制作是比较重要的。完备的工资支付凭证应反映当月的加班工资，否则，用人单位安排劳动者加班又未在工资支付凭证中反映加班工资的话，事后劳动者主张加班费的，用人单位将处于被动地位。
　　
6.妥善保管考勤记录和工资支付凭证
　　用人单位与劳动者因加班费发生纠纷的，考勤记录和工资支付凭证，是两项十分重要的证据。

用人单位依法安排劳动者在标准工作时间以外工作的；
应当按照下列标准支付加班加点工资；
（一）在日标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于小时工资基数的150%支付加班工资；
（二）在休息日工作的，应当安排其同等时间的补休，不能安排补休的，按照不低于日或者小时工资基数的200%支付加班工资；
（三）在法定节假日工作的，应当按照不低于日或者小时工资基数的300%支付加班工资。

在依法办理离职手续后，劳动者的工资、押金和经济补偿是必须一次性结清的。用人单位不得随意扣减或者拖欠，当事人可以在办理离职手续时要求结清。否则当事人可以去劳动局申诉或者举报用人单位的违法违规行为。
　双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
　　根据《工资支付暂行规定》
　　第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
　　根据《中华人民共和国劳动合同法》规定
　　第五十条　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
　　第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
　　
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
　　
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
　　
(三)安排加班不支付加班费的；
　　
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。