港澳通行证和护照的区别有：
港澳通行证跟护照同属于国家出入境证件，而最大的区别则是目的地不同。
港澳通行证的目的地主要是香港以及澳门这两个特别行政区；而护照的目的地则是第三国家。
一、港澳通行证和护照目的地不同
根据《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第三条可了解到，内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证，从指定的口岸通行。护照的目的地则是第三国家。
二、港澳通行证和护照办理性质不同
根据《中华人民共和国护照法》第二条可以知道，中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。
港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
