母子户口在同一户口本上，但父亲在另一户口本上，且儿子出生证名字一栏空着，只有独生子女证，独生子女证能证明父子关系吗？

这个需要做亲子鉴定。

独生子女证办理程序：

夫妻双方及其子女都为本市农村常住户口或者城镇常住户口的领证程序：

（1）由女方到所在单位(无单位的到村民委员会或居民委员会)领取《独生子女证申请审批表》。

（2）经双方单位(无单位的由村民委员会或居民委员会)初审同意后，送女方常住户口所在地的乡(镇)人民政府或街道办事处审核(需携带户口簿、结婚证原件)。乡(镇)人民政府或街道办事处应在十五天内审核完毕，报所在地的区、县计划生育委员会审批(附户口簿复印件)。

（3）区、县计划生育委员会应在接到《独生子女证申请审批表》次日起三十天内审批完毕。对符合条件的，发给《独生子女证》。[1]

特殊程序：

（1）由符合条件的一方到所在单位(无单位的到村民委员会或居民委员会)领取《独生子女证申请审批表》。

（2）经所在单位(无单位的由村民委员会或居民委员会)初审同意后，送符合条件一方常住户口所在地的乡(镇)人民政府或街道办事处审核(需携带户口簿、结婚证、离婚证明原件)。乡(镇)人民政府或街道办事处应在十五天内审核完毕，报所在地的区、县计划生育委员会审批(附户口簿、离婚证明复印件)。

（3）区、县计划生育委员会在接到《独生子女证申请审批表》次日起三十天内审批完毕。对符合条件的，发给《独生子女证》。　

其他程序：

（1）夫妻双方的常住户口在本市，而子女常住户口在外地的，经子女常住户口所在地的乡(镇)人民政府或者街道办事处出具证明后，按照“夫妻双方及其子女都为本市农村常住户口或者城镇常住户口的领证程序”办理。

（2）夫妻一方为本市农村常住户口，另一方为本市城镇常住户口。

所需材料：

1、原配夫妻：夫妻双方和子女的户籍证明、结婚证明；

2、离婚对象：符合条件一方和子女的户籍证明、离婚证明；

3、丧偶对象：符合条件一方和子女的户籍证明、丧偶的证明；

4、再婚对象：夫妻双方和子女的户籍证明，离婚证明，结婚证明。

办独生子女证的主要流程：
1.本市户口办理《独生子女证》的一般程序

（1）女方去所在单位领取《独生子女证申请表》。

（2）待夫妻双方所在单位初步审批通过后，带着户口簿和结婚证原件，到女方户口地址所在的人民政府或街道办事处审核，按规定应在15天内审核完毕。

（3）审核完毕后向户口所在地的区县计划生育委员会报批，按规定应该在接收到申请表次日的30天内审核完毕。一旦符合条件，即可发放《独生子女证》。

注：无单位的情况下，由村委会或居委会审核。

2.丧偶&离婚情况下的办理程序

（1）到一方所在单位领取《独生子女证申请表》。

（2）待一方所在单位初步审批通过后，带着户口簿和结婚证原件，到户口地址所在的人民政府或街道办事处审核，按规定应在15天内审核完毕。

（3）审核完毕后向户口所在地的区县计划生育委员会报批，按规定应该在接收到申请表次日的30天内审核完毕。一旦符合条件，即可发放《独生子女证》。

注：无单位的情况下，由村委会或居委会审核。

3.特殊情况办理程序

当夫妻双方户口在本市，而子女户口在外地时，需要子女户口所在地的人民政府或街道办事处出具证明后，按照“夫妻双方及其子女都为本市/本村户口”办理。